La endoscopía permite al médico observar el esófago, estómago y duodeno con la ayuda de un tubo largo y flexible, provisto de una pequeña cámara en el extremo.
Debido a que el estudio puede resultar incómodo y ocasionar molestias, frecuentemente un anestesiólogo se encarga de realizar una sedación anestésica para mayor comodidad y seguridad.
Durante el estudio es habitual la toma de biopsias, es decir, de pequeños fragmentos de tejidos del tubo digestivo para un posterior examen por un anátomo patólogo. Existen múltiples indicaciones para efectuar una biopsia, por ejemplo, para detectar la presencia de una bacteria llamada helicobacter pylori, vinculada con enfermedades gastro-duodenales.