El área de la Endoscopia Terapéutica Avanzada o Endoscopia Invasiva, va más allá de técnicas simples y se ha convertido en una especialidad.
La ultrasonografía endoscópica (USE) le permite al médico usar ondas de sonido para mirar a través de las paredes de los órganos que conforman el aparato digestivo observando las estructuras que se encuentran alrededor de los mismos, tal y como las imágenes utilizadas en el ultrasonido de un embarazo, donde se \\\\\\\"observa a través\\\\\\\" del vientre de la madre. La claridad de estas imágenes le permite al médico introducir y guiar una aguja para realizar una biopsia o drenar un área infectada.
La CPRE nos permite examinar los conductos biliares y pancreáticos (los conductos del hígado y el páncreas) y extirpar cálculos biliares o tratar obstrucciones de los conductos biliares.
También se utilizan otras técnicas de la endoscopia terapéutica para tratar cáncer de esófago, estómago y colon, en su etapa inicial.
La Endoscopía Terapéutica Avanzada ofrece una alternativa segura y muy poco invasiva para tratar diferentes diagnósticos que requerían técnicas mucho más invasivas o incluso cirugías de alto riesgo. La recuperación del paciente es más rápida, menos complicaciones y generalmente la calidad de vida del paciente no se ve afectada. Generalmente, estos son procedimientos para pacientes ambulatorios que no requieren hospitalización.